Il primo Consiglio di Amministrazione dell'ISIA di Roma si è insediato il 23 marzo 2005, sostituendo il precedente Comitato Scientifico Didattico che aveva sia competenze amministrative che didattiche.
In virtù del DPR 132/2003 e del conseguente Statuto di autonomia le competenze in campo didattico sono state assegnate al nuovo organo collegiale del Consiglio Accademico, mentre quelle amministrative sono rimaste al CDA.
Il Consiglio di Amministrazione è attualmente composto dai seguenti componenti:
-    il Presidente (incaricato con decreto del Ministro): Arch. Stefano Salvi;
-    il Direttore (componente di diritto): Prof. Giulio Angelini;
-    un docente dell'ISIA di Roma (designato dal Consiglio Accademico): ;
-    uno studente (designato dalla Consulta degli Studenti): Sig.ra Giulia Romiti;
-    un esperto di amministrazione (incaricato con decreto del Ministro): Avv. Carlo Longari.
Il CDA può essere integrato di ulteriori componenti fino ad un massimo di due, nominati dal Ministro su designazione di enti, anche territoriali, fondazioni o organizzazioni, che partecipano al finanziamento o funzionamento dell'Istituto.
Il Consiglio di Amministrazione, in attuazione delle linee di intervento e sviluppo della didattica, della ricerca e della produzione definite dal Consiglio Accademico, stabilisce gli obiettivi e i programmi della gestione amministrativa e promuove le iniziative volte a potenziare le dotazioni finanziarie dell'ISIA di Roma.